Trường Đại học Sư phạm - Đại học Huế đã được Bộ Giáo dục & Đào tạo cho phép triển khai bồi dưỡng SĐH từ năm 1990 (được gọi là bồi dưỡng SĐH hệ C) và tham gia đào tạo cao học từ năm 1992. Trong quá trình xây dựng và phát triển, đội ngũ giảng viên có trình độ cao của Trường đã được bổ sung hàng năm rất nhiều nên số chuyên ngành đào tạo SĐH ngày càng tăng lên. Từ bước đầu chỉ có  02 chuyên ngành với 11 học viên, đến nay (năm học 2008 - 2009), Trường Đại học Sư phạm - Đại học Huế đã được giao nhiệm vụ đào tạo 27 chuyên ngành Thạc sĩ và 6 chuyên ngành Tiến sĩ (Đại số & Lý thuyết số, Lý luận & Phương pháp dạy học môn Vật lý, Động vật học, Hóa lý thuyết & Hóa lý, Vật lý lý thuyết và Vật lý toán, Lịch sử Việt Nam cận đại và hiện đại).

         Trong qua trình xây dựng và phát triển, quy mô đào tạo SĐH của Trường ngày càng tăng. Tính đến ngày 31 tháng 10 năm 2008, Trường Đại học Sư phạm - Đại học Huế đã đào tạo được 14 khóa cao học thuộc 27 chuyên ngành với 1292 học viên được công nhận tốt nghiệp và 07 NCS (chuyên ngành Động vật học, Đại số & Lý thuyết số, Lý luận & phương pháp dạy học bộ môn Vật lý, Vật lý lý thuyết & Vật lý toán, Hóa lý thuyết & Hóa lý) bảo vệ thành công luận án Tiến sĩ. Trong số 1292 học viên tốt nghiệp, đã có 1242 học viên đã được cấp bằng Thạc sĩ và 158 học viên thuộc Dự án Đào tạo giáo viên THCS.

        Hiện nay, Trường đang đào tạo tại Trường 20 nghiên cứu sinh thuộc 6 chuyên ngành và 942 học viên cao học thuộc 27 chuyên ngành (khóa XV, XVI và XVII).

        Từ năm 2006, căn cứ vào năng lực đào tạo sau đại học và nhu cầu của các địa phương, Trường đã được Bộ Giáo dục & Đào tạo và Đại học Huế phê duyệt và cho triển khai Đề án 'Hỗ trợ đào tạo Sau đại học cho cán bộ, giáo viên các khu vực Tây Nguyên, Đông Nam bộ và Tây Nam bộ' theo công văn số 1833/BGD&ĐT-KHTC, ngày 09 tháng 3 năm 2006. Đến năm học 2008 - 2009, Trường đã tuyển sinh và đào tạo 3 khóa cao học thuộc Đề án thuộc 14 chuyên ngành với 168 học viên.

        Trong kỳ thi tuyển sinh sau đại học năm 2008, Trường đã được Bộ Giáo dục & Đào tạo giao tuyển sinh 90 chỉ tiêu thạc sĩ thuộc Dự án Phát triển Giáo viên THPT & TCCN. Hiện nay, Trường đã được tuyển sinh được 73 học viên thuộc 8 chuyên ngành: Tâm lý học và các chuyên ngành LL&PPDH môn Toán, Vật lý, Hóa học, Sinh học, Văn & tiếng Việt, Lịch sử và Địa lý.

        I. CHƯƠNG TRÌNH  VÀ KẾ HOẠCH ĐÀO TẠO

Hiện nay trường đang triển khai đào tạo theo chương trình khung đã được Bộ Giáo dục và Đào tạo cho phép từ năm 2001. Hầu hết các khoá đào tạo SĐH ở trường trong những năm gần đây (từ khoá VII-năm 1999 trở đi) đều được đào tạo theo hình thức tập trung với 4 học kỳ tập trung học, đối với hình thức không tập trung thì có 05 học kỳ tập trung với mỗi HK không quá 3 tháng.

        II.  TỔ CHỨC TRIỂN KHAI VÀ QUẢN LÝ ĐÀO TẠO

Đội ngũ giảng viên tham gia đào tạo và hướng dẫn luận văn tốt nghiệp hội đủ các tiêu chuẩn về giảng dạy SĐH theo qui định của Bộ. Hiện nay đội ngũ cơ hữu vẫn là giảng viên của trường và các trường thành viên trong Đại học Huế. Hàng năm Trường mời các Giáo sư, Tiến sĩ  đầu ngành ở các trường đại học và viện nghiên cứu trong cả nước tham gia giảng dạy, hướng dẫn và chấm Luận văn tốt nghiệp. Ngoài ra, Trường còn tranh thủ mời các chuyên gia nước ngoài đến tổ chức xê-mi-na, báo cáo khoa học cho các lớp cao học

Về qui chế học tập: Học viên phải hội đủ số tiết chuyên cần theo quy định (vắng không quá 20% số tiết), đối với từng chuyên đề học viên phải làm tiểu luận hoặc dự kiểm tra học trình mới có đủ điều kiện thi kết thúc chuyên đề. Điểm cuối cùng của từng học phần là tổng hợp của điểm kiểm tra/tiểu luận và điểm thi theo một trọng số nhất định. Thời gian triển khai làm luận văn của học viên thường kéo dài từ 6 đến 8 tháng. Vào tháng 11và 12 hằng năm trường tổ chức bảo vệ luận văn Thạc sĩ nghiêm túc và đúng quy chế.

        III. TUYỂN SINH, TẠO NGUỒN VÀ BỒI DƯỠNG SĐH

       1.  Công tác tuyển sinh SĐH hàng năm ở trường triển khai theo sự chỉ đạo của Đại học Huế và trên cơ sở quy chế tuyển sinh. Hàng năm Trường ra thông báo tuyển sinh vào tháng 12 và gửi cho các trường đại học, cao đẳng, các sở GD-ĐT trong cả nước. Ngoài ra, thông báo tuyển sinh còn được công bố các phương tiện thông tin đại chúng. 

        2. Trường tổ chức ôn tập tạo nguồn và bổ túc kiến thức tương đương cho thí sinh thi vào Trường hằng năm vào đầu tháng 2 tại trường và các địa phương. Ngoài ra, Trường còn thường xuyên phối hợp với các sở GD-ĐT tổ chức các lớp bồi dưỡng SĐH cho  các địa phương (chủ yếu là vào dịp hè). Cho đến nay Trường đã phối hợp  tổ chức các lớp bồi dưỡng với hầu hết các Sở giáo dục & Đào tạo và trường CĐSP trong khu vực như  Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên Huế, Đà nẵng, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Kontum, Đắc lắc, Phú Yên. Khánh Hoà, Gia Lai...

      IV. QUAN HỆ QUỐC TẾ TRONG ĐÀO TẠO SĐH

Trong những năm gần đây, dưới chủ trương đổi mới giáo dục và đào tạo của Đảng và Nhà nước, công tác quan hệ quốc tế (QHQT) của trường đã có những nét khởi sắc và đã thu được những thành quả ban đầu đáng phấn khởi, đặc biệt là trong lĩnh vực hợp tác xây dựng đội ngũ và đào tạo SĐH.

   - Từ các hợp tác đối ngoại, Trường đã cử được một số giảng viên đi đào tạo SĐH ở nước ngoài như Hoa Kỳ, Australia, Pháp, Hà Lan...

- Trường đã được Bộ chọn tham gia vào “Dự án đào tạo giáo viên THCS”. Đây là dự án đào tạo thạc sĩ cho giáo viên các trường CĐSP và các chuyên viên của Sở Giáo dục & Đào tạo do Ngân hàng Phát Triển Châu á (ADB) tài trợ. Theo chương trình này, từ năm 2003 Trường liên kết với Khoa Giáo dục thuộc trường Đại học Công nghệ Queensland (Australia) trong giảng dạy 04 học phần liên ngành cho học viên thuộc Dự án (khoá 2002-2004). Trong thời gian đến trường tiếp tục đẩy mạnh hợp tác quốc tế, phấn đấu xây dựng được một số đề án hợp tác về nghiên cứu khoa học và đào tạo SĐH với các trường đại học và viện nghiên cứu có uy tín  trong khu vực và trên thế giới.